La cofradía consta que fue fundada en 1626 ya que a finales del siglo XVIII se redactaron las ordenanzas de la Hermandad de Nuestro Padre Jesús Nazareno que hablan de sus orígenes en estos términos: Esta Hermandad en su primera constitución que fue en el citado año de mil seiscientos veinte y seis, se nominó Cofradía de Nuestro Padre Jesús de Luces, sin que entonces hubiera otra, siendo su estatuto ir en la procesión con cruces, y otras penitencias; y en el de seiscientos cuarenta y cinco se estableció cierto numero de hermanos que fuesen alumbrando con cirios a Nuestro Padre Jesús con aprobación del Licenciado D. Juan Martínez Ordaz; y en el siguiente de noventa y siete tubo su aprovación la Cofradía por D. Geronimo de Rivera, Vicario que a la sazón era. En el de seiscientos cincuenta y dos con motivo de la cortedad de los hermanos, y carestía de los tiempos se mando fuesen todos con cruces, quedando después parte de hermanos que asistían con luces, y parte con cruces, de que provino seguir dos Hermandades, aunque con respecto a su origen era toda una. Pero haviéndose creado posterior Cofradía de Jesús de Hermanos Sacerdotes se tubieron como principales por su carácter y dignidad, tomando a su cargo el cuidado de esta soberana ymagen, el de su Capilla, y ornamentos, quedando las dos Hermandades con la agregación a ella, en cuyos términos han continuado hasta la suspensión de todas por la orden del Real y Supremo Consejo (de 1789).Sabemos que en 1623 con motivo del repartimiento de ayuda a la fiesta de Corpus Christi por parte de todas las hermandades estepeñas, se enumeran las corporaciones que en aquella época había en Estepa y entre ellas no a parece la de Jesús Nazareno, aunque solo tres años más tarde se erige la Cofradía de Jesús Nazareno de Luces. y que antaño se llamaba “Cofradía de Cruces”, porque los hermanos iban acompañando a Nuestro Padre Jesús con cruces u otras duras penitencias en la procesión de la mañana del Viernes Santo.
En 1645 se estableció con aprobación del licenciado Juan Martínez Ordaz, que cierto número de hermanos fueran alumbrando con hachones, tomando desde esa época la denominación de “Hermandad de Luces y cruces”. Entre los hermanos de luces y cruces, surgieron reñidas competencias, ya que cada bando tenía su bandera e insignia, de modo que para evitar mayores altercados tuvo, en diversas ocasiones, que intervenir la autoridad eclesiástica para zanjar las reyertas. Estando en esta situación, numerosos sacerdotes que había en Estepa, más de un centenar, por ser sede la Vicaría, se hermanaron y la tomaron a su cargo; pasó entonces, a denominarse “Hermandad de Nuestro Padre Jesús de hermanos sacerdotes”. Pero la devoción de sus cofrades seglares los movían a acompañar en sus salidas procesional, por lo que don Lorenzo de Andujar Ferrer, Vicario General de Estepa, organizó la procesión ordenando que desfilaran primero los hermanos de luces, con su bandera seguido del paso de Jesús, y cerrando el cortejo, los hermanos de cruces con su insignia, quedando los sacerdotes encargados de atender el culto.
Tuvo esta corporación nazarena mucho empaque e importancia, como lo manifiesta el que llegó a hacer fraternidad con doscientas siete Hermandades de Cruces, especialmente de Castilla y de Andalucía. Ello tuvo su efecto hasta 1781, fecha en que quedó afectada por el decreto de Carlos III, en que quedo suprimida. Por aquella época la cofradía obtuvo una bula de Pío VI que concedía indulgencia plenaria a favor de las almas por cuya intención se celebrase un día de misa en el altar de Nuestro Padre Jesús. En 1789, muerto Carlos III, la Hermandad acudió a las autoridades civiles y religiosas a fin de presentar unas reglas para su aprobación; ello lo obtuvo, mediante Real Decreto de 1801, que recoge auto de aprobación de Carlos IV de 10 de marzo de dicho año y del Supremo Consejo de Castilla; éstas se aprobaron con la condición de que la Hermandad quedase unida a la de la Sacramental y Ánimas de la Parroquia de San Sebastián. Los estatutos elevados al Consejo de Castilla, los más antiguos que conservan en la Cofradía, se trata de un texto sencillo, compuesto de dieciocho capítulos, que regula la entrada de hermanos, la composición de la Junta de Gobierno, etc.
Desde 1801 la Cofradía tomó el nombre de Hermandad de Nuestro Padre Jesús Nazareno y María Santísima de los Dolores sólo levemente modificado a partir de la elaboración de los nuevos estatutos de 1909, y en décadas posteriores, con la incorporación de los títulos de Real atendiendo a que fue el propio Rey Carlos IV y el Consejo Supremo de Castilla quienes aprobaron sus Reglas, el de Ánimas y Sacramental porque esta Cofradía absorbió a la de Ánimas de la Parroquia de San Sebastián y que a la sazón era también Sacramental, y el título de Pontificia lo ostenta porque esta Hermandad en el año 1781 consigue del Sumo Pontífice Pío VI, la promulgación de una Bula por la que se concede indulgencia plenaria en favor de aquellas almas por cuya intención se celebre una Misa en el altar de Nuestro Padre Jesús Nazareno, privilegio que sigue hoy día en vigor, motivo por el que esta Hermandad posee, ya desde finales del siglo XVIII, un estrecho vinculo con el Pontificado.
Precisamente desde inicios de la centuria decimonona hasta fines de siglo, conocemos todos con todo detalle todas las vicisitudes que pasó la hermandad, por los escritos que dejó su hermano mayor Juan García de Almansa. A través de su examen, sabemos que los cultos siempre fueron intensos; aparte de los quinarios y otros cultos a lo largo del año, el Viernes Santo era apoteósico. La procesión duraba todo el día, y principiaba a la salida del sol, y se mantenía hasta que éste se pusiera. Toda la noche del Jueves al Viernes Santo la pasaban las mujeres de Estepa en la iglesia de San Sebastián orando. A la salida de la procesión, se incorporaban al cortejo alumbrando detrás de la bendita imagen.
Se inicia el siglo XX, con la redacción en 1909 de nuevos estatutos; éstos constan de cinco bases previas, ocho capítulos, veintinueve artículos, uno preventivo y otro adicional. Estuvieron vigentes desde esa fecha hasta su confirmación por circular del vicario episcopal de laicos de 1974 sobre renovación de reglas. Han sido en la actualidad sustituidas por nuevas Reglas, aprobadas el 2 de enero de 1988, que han tomado el espíritu patente de las antiguas corporaciones. Conforme a éstas, se establece como fin primordial de la Hermandad el promover el culto público a Jesús nazareno y a María Santísima de los Dolores, al procurar la autenticidad de las manifestaciones religiosas, la participación activa en la vida diocesana y parroquial, y se estima los fines materiales como instrumento al servicio de la misión evangelizadora, del culto y por supuesto la caridad como uno de los fines primordiales de esta Hermandad del Viernes Santo estepeño.
En lo concerniente a vida de Hermandad y a proyectos que derivaron en un gran patrimonio tanto artístico como emocional, destacar por ejemplo que durante el siglo XX Nuestro Padre Jesús Nazareno tuvo dos pasos procesionales, uno gótico adquirido en 1904 en Sevilla y realizado por José Gil y Cia., llegó a finales del mes de enero en tres carros – ya que venía desarmado – y fue recibido a la entrada de la ciudad con el júbilo de todos acompañado de cohetes y música. Este paso gótico se utilizó hasta que en el Cabildo de 18 de marzo de 1953 se aprueba un proyecto para hacer un nuevo paso en Sevilla que costó 150.000 Pts. y que con algunas reformas para adaptarlo a las diferentes épocas aún reluce como un crisol. Al año siguiente se decide realizar otro paso nuevo a la Virgen de los Dolores, un paso dorado con canastilla algo extraño en un palio pero que le aportó una bellísima armonía al conjunto procesional de la Virgen. También en este siglo XX se realiza gran parte de la orfebrería y bordados del mismo y se consolida con el paso del tiempo la verdadera identidad que mueve a esta Cofradía del Viernes Santo.
